Certificerende Instellingen (CI’s) zijn de bedrijven die na een uitgebreid onderzoek de SCIOS-certificaten afgeven. De CI's zijn onafhankelijk van de te certificeren bedrijven, de gebruikers en de voorschrijvers van het certificaat. De CI's staan op hun beurt onder controle van de Raad voor Accreditatie. Op de website van de Raad voor Accreditatie is te zien of een bedrijf geaccrediteerd is voor het afgeven van het systeemcertificaat van SCIOS. In Nederland is de Raad voor Accreditatie (RvA) de door de overheid aangewezen instantie om Certificerende Instellingen te accrediteren. Vanwege de monopoliepositie in Nederland heeft de RvA sinds januari 2010 de status van Zelfstandig Bestuursorgaan (ZBO). Binnen de Europese Unie is per land één accreditatie-instelling aangewezen door de nationale overheid. De branchevereniging van Certificerende Instellingen bedrijven is de Vereniging Overleg Certificatie-instellingen (VOC). Op de VOC-website is meer informatie te vinden. Instellingen die met SCIOS een licentieovereenkomst hebben om te certificeren zijn:
KIWA NEDERLAND B.V.
Website: www.kiwa.nl
Bureau Veritas Inspections and Certification The Netherlands B.V.
Website: https://benelux.bureauveritas.com/
DEKRA Certification B.V.
Website: https://www.dekra.nl/nl/audit/